Det hela började i maj 2012, när Europaskolan krävde Strängnäs kommun på mer pengar i bidrag för de elever som pluggar på friskolan. Den kommunala gymnasieskolan hade nämligen redovisat ett underskott på 3,4 miljoner kronor året innan – ett underskott som hade täckts av överskott från övriga kommunala verksamheter.
Europaskolan anser att dessa 3,4 miljoner kronor ska divideras med kommunens elevantal, att kvoten därefter ska multipliceras med friskolans elevantal och att produkten av det talet ska betalas ut till Europaskolan. Som stöd lutar sig friskolan mot en paragraf i gymnasieförordningen som gör gällande "att om ytterligare resurser ges till hemkommunens gymnasieskola under budgetåret, ska motsvarande tillskott ges till de enskilda huvudmännen".
Strängnäs kommun har hänvisat till att Thomasgymnasiet under flera års tid har haft ett vikande elevunderlag. Det har tvingat kommunen att lägga ner flera gymnasieprogram. "En nedläggning av ett program tar cirka tre år och under den tiden blir kostnaderna betydligt högre än elevpengen", har skolan skrivit till Europaskolan.
Strängnäs kommun menar att Europaskolan inte erbjuder något av de program som har orsakat budgetunderskottet, utan att friskolan får ersättning från Strängnäs kommun för de nationella programmen inom naturvetenskap och samhällsvetenskap. Därför anser inte kommunen att friskolan har rätt till mer pengar.
Ärendet hamnade hos förvaltningsrätten i Linköping i juni 2013. Sedan dess har parterna fått komma till tals genom en omfattande skriftväxling. Nu anser rätten sig ha all den information som behövs för att kunna avgöra målet. På grund av att andra ärende står före i kö är det dock oklart när detta kommer att ske, enligt föredragande jurist Elin Storm.