Beskedet kommer efter ett beslut från EU-domstolen om att människor inte får kvarhållas i lägren utan att deras fall utreds var för sig, och inte längre än i fyra veckor.
– Transitzonen var en lösning som skyddade Ungerns gränser, och EU-domstolens beslut i fallet var olyckligt, säger premiärministerns stabschef Gergely Gulyás.
– Eftersom Ungern är skyldigt att följa domen kan landet inte göra annat än att eliminera transitzonerna.
Han uppger att 280 personer kommer att föras från lägret till asylläger, men han går inte närmare in på hur länge de kommer att bli kvar där.
Människorättsorganisationer har bedömt Ungerns två så kallade transitläger, där människor bor i containrar bakom taggtrådsstängsel längs gränsen mot Serbien, som omänskliga.