Den formella och skarpa anklagelsen gjordes efter en sammandrabbning på en av Gibraltars stränder då spanska tulltjänstemän blev attackerade av smugglare varpå skott avlossades.
Gibraltars chefsminister Fabian Picardo sade i ett uttalande att händelsen var en av de allvarligaste och farligaste på många år i relationen mellan det brittiska territoriet och Spanien.
Motorn på den båt som de spanska tulltjänstemännen färdades med gick sönder när de jagade tobakssmugglare utanför Gibraltars kust. Tullbåten lyckades ta sig till strand där tjänstemännen attackerades med sten av de misstänkta smugglarna. Spanjorerna svarade med att avfyra varningsskott ut i vattnet, enligt en källa från den ansvariga spanska skattemyndigheten.
Picardo konstaterar att spanska insatser ofta tillåts i Gibraltar om man frågat om lov, vilket inte skedde i fallet.
Gibraltar är brittiskt territorium på den södra delen av Pyreneiska halvön, och områdets tillhörighet är en källa till spänning mellan London och Madrid.