Departementet slutar också att på sin hemsida offentliggöra den sammanlagda siffran över antalet bekräftade sjukdomsfall, som nu är uppe i 672 000, och antalet döda, som närmar sig 36 000.
Orsaken är, enligt Brasiliens president Jair Bolsonaro att "de ackumulerade uppgifterna speglar inte det läge som landet befinner sig i". I sin kommentar på Twitter skriver han också att man arbetar med åtgärder för att förbättra rapporteringen av antalet fall.
Hemsidan togs ner från nätet på fredagen och dök upp igen på lördagen, med bara några få data för de senaste 24 timmarna. Den minskade transparensen har fått skarp kritik från journalistorganisationen ABI.
President Jair Bolsonaro har under pandemins härjningar i Brasilien spelat ner faran och bytt ut medicinutbildad personal på hälsodepartementet mot militärer. Samtidigt är smittosituationen i landet svår och under fyra på varandra följande dagar under förra veckan rapporterade man fler nya fall och fler dödsfall än något annat land.