Samtidigt ska federala myndigheter skicka experter till delstaten för övervaka de värst drabbade områdena, och hjälpa till att utarbeta en strategi för att bromsa smittspridningen.
I delstaten finns drygt 37 procent av landets aktiva smittofall och från hälften av Keralas 14 distrikt rapporteras en ökande trend när det gäller nya covidfall.
"Särskilt intensiva stränga restriktioner införs i de områden där antalet positiva tester är högt", säger delstatens katastrofmyndighet i ett uttalande.
Nedstängningen inleds på söndag.
I Indien är det delstaterna som beslutar om restriktioner, inte den federala staten.