Omkring 36 indonesiska soldater hade placerats i området Nduga för att leta rätt på Phillip Mark Mehrtens, som kidnappades i början av februari. Soldaterna blev angripna av väpnade rebeller i lördags och enligt militära handlingar som medier har tagit del av har minst sex av dem dödats.
Ett 20-tal uppges ha flytt in i djungeln och nio tros ha blivit tillfångatagna av rebellerna. Den indonesiska militären bekräftar hittills ett dödsfall.
– Vi letar fortfarande, men tungt regn, dimma och kommunikationsproblem har försvårat vår sök- och räddningsinsats, säger militärens talesperson Herman Taryaman.
En talesperson för rebellerna meddelar att de gick till attack för att ta revansch för två av deras medlemmar som sköts ihjäl av soldater i mars.
Phillip Mark Mehrtens landade med ett litet flygplan i ett avlägset bergsområde på västra Papua början av februari. Rebeller stormade planet, satte det i brand och tog piloten som gisslan. De kräver att Indonesien går dem till mötes för ett självständigt Västpapua.