Marschen med högernationalistisk inriktning ses av många som provocerande och vid tidigare manifestationer har våldsamheter brutit ut.
Polis har beslutat att tillåta marschen som går genom den symboliskt viktiga Damaskusporten i de äldre delarna av Jerusalem. Tidigt på torsdagsmorgonen hade redan tusentals samlats inför marschen. Bland deltagarna fanns minst en parlamentsledamot.
Manifestationen betraktas av myndigheter som en parad som hedrar staten Israel; men grupper i marschen väljer att skandera antiarabiska slagord. Paraden för två år sedan urartade och ledde till elva dagar av våldsamheter.
Palestinska extremgrupper har sagt att de skulle konfrontera årets parad.
Polischefen i Jerusalem, Yoram Segal, sade inför marschen att man är redo att stoppa alla former av våldsamheter.