Skredet utlöstes sedan stora delar av Japan drabbats av rekordstora regnmängder som har dränkt vägar och byggnader på flera håll.
Särskilt mycket nederbörd har fallit över den sydjapanska ön Kyushu.
– Jag har upplevt tre översvämningar som den här, men den här är den värsta, säger den 68-åriga läkaren Toshimi Kusumoto vars mottagning översvämmades.
På söndagsmorgonen har dock regnandet upphört i stora delar av Kyushu medan Tokyo och andra delar av landet upplever skyfall.
Den japanska regeringen kommer att hålla ett ministermöte om de kraftiga regnen på söndagseftermiddagen.