Enligt militären handlade det om tre män som öppnat eld mot soldaterna.
Det finns inga rapporter om israeliska dödsfall.
Nablus har skakats av omfattande oroligheter och militära insatser i den upptrappade våldsspiralen på den ockuperade Västbanken. Inledningen av 2023 har varit blodig och tidigare i veckan dödades minst sex palestinier i en eldstrid då israelisk militär genomförde en räd i Jenin.
Under 2023 har över 80 palestinier dödats, en siffra som inkluderar såväl civila som militanta gärningsmän.
Samtidigt har minst 13 personer dödats i palestinska attacker mot israeler under samma period.