25 män har förhörts och sju av dem gripits. Nätverket leds av en rysk-moldavisk person.
En agent lyckades infiltrera nätverket – vilket tillförde tio timmars inspelat video- och ljudmaterial, enligt polischefen Viorel Cernauteanu.
– Folk kom från Ryssland med en mycket specifik träningsroll, säger Cernauteanu.
Myndigheterna agerade efter att de informerats om organisationen och deras avsikter.
Den pro-ryska oligarken Ilan Shors parti har under de senaste veckorna mobiliserat människor mot den västvänliga regeringen – mitt under de ökade spänningarna mellan Moskva och Chisinau.
Partiet har ordnat flera protester för vilka de misstänks ha betalat deltagarna. På söndagen inleddes en ny protest i huvudstaden.
USA anklagade i fredags Ryssland för att försöka destabilisera Moldavien – med målet att så småningom få igenom en Moskvavänlig regering.
USA meddelade samtidigt att de intensifierat underrättelseutbytet med Moldavien.
Ryssland möjliggör sedan många år ett utbrytarstyre i regionen Transnistrien i östra Moldavien och där finns ett par tusen ryska soldater.