Det är andra gången på tre dagar med robotar från nordkoreanskt håll.
"Vår militär har ökat bevakningen och beredskapen för att vara förberedd på ytterligare uppskjutningar", säger den sydkoreanska militären i ett uttalande.
Sydkorea och USA inledde på måndagen den gemensamma övningen "Freedom Shield" vars fokus är den "förändrade säkerhetsmiljön" till följd av Nordkoreas ökade aggression, uppger länderna.
Övningen, som håller på i tio dagar, är den största mellan länderna på fem år.