– Jag skulle vilja ta tillfället i akt att be om djupaste förlåtelse till allmänheten, säger Lee Sang-Min.
Han lovar att utreda vad som orsakade händelsen och att säkerställa att en katastrof av liknande magnitud aldrig ska kunna inträffa igen.
Polisen, som fått kritik för att ha varit för få på plats, erkände under gårdagen att misstag gjorts under händelsen.
I Sydkorea är bevakningen under demonstrationer och sammankomster normalt massiv, och inte sällan är poliserna fler än antalet deltagare. Men i stadsdelen Itaewon, i Seoul, där katastrofen inträffade under halloween befann sig endast 137 poliser, medan runt 6 500 bevakade en demonstration med runt 25 000 deltagare på andra sidan stan, enligt lokala medier.
Sydkoreas president Yoon Suk-Yeol sade under ett regeringsmöte på tisdagen att landet måste förbättra sitt system för att hantera stora folksamlingar.
– Människors säkerhet är viktig, oavsett om det är ett organiserat evenemang eller inte.