Sekreteraren Melissa DeRosa pekas i rapporten ut som delaktig i försök att mörklägga Cuomos handlingar.
"De senaste två åren har varit emotionellt och psykiskt påfrestande för mig personligen. Jag är evigt tacksam för att ha fått arbeta med så duktiga kollegor i vår delstats tjänst", säger DeRosa i ett uttalande.
I utredningen, beställd av New Yorks justitiedepartement, förekommer vittnesmål från elva kvinnor om ovälkomna närmanden, tafsande eller sexuella anspelningar från Cuomo. Flera tunga partikamrater har sedan utredningen presenterades tagit avstånd från Cuomo, som innehaft guvernörsämbetet sedan 2011. Även president Joe Biden har sagt att Cuomo bör avgå.
Cuomo själv förnekar alla anklagelser.
En tidigare assistent till guvernören, som anmält Cuomo för tafsande, väntas under måndagen gå ut offentligt med anklagelserna i en tv-intervju.