Han har haft rollen som klubbdirektör i Stockholmsklubben Brommapojkarna sedan 2019.
"Jag ser fram emot att få leda arbetet med att utveckla AIK Fotboll till att bli ännu bättre, såväl utanför som på fotbollsplanen. AIK Fotboll är en viktig samhällsaktör och jag ser en stor potential i att utveckla klubben både vad gäller elit- och breddverksamheten", säger han till klubbens hemsida.
Lindberg ersätter Björn Wesström som meddelat att han lämnar AIK vid årsskiftet.
"I Manuel Lindberg får vi en trygg och erfaren person som kan leda AIK Fotboll till nästa nivå. Manuel har rätt erfarenhet med en blandning av förtroendeuppdrag inom idrott och fotboll samt även från kommersiell affärsutveckling", säger Robert Falck, styrelseordförande i AIK Fotboll.