Arsenalanfallaren lär därmed missa gruppspelsmatchen mot Komorerna på måndag.
Som om inte det vore nog har även Nicemittfältaren Mario Lemina samt landslagets assisterande tränare smittats av viruset.
– De har genomfört ett PCR-test och isolerar sig på hotellet, säger förbundskaptenen Patrice Neveu.
Gabons andra match i turneringen spelas mot Ghana på fredagen.