Totalt har fem spelare isolerats.
Landslaget fick ställa in sin gemensamma träning på tisdagen efter det positiva testsvaret.
"Att det här kommer så nära inpå våra VM-kvalmatcher är väldigt tufft både för ledarstaben och hela laget, men hälsan och välmåendet är vår högsta prioritet förstås", säger landslagschefen Oliver Bierhoff i ett uttalande.
Tyskland ställs mot Liechtenstein på hemmaplan på torsdag och avslutar gruppspelet borta mot Armenien på söndag. Tyskarna har redan säkrat förstaplatsen i gruppen och är därmed klara för VM i Qatar 2022.