Den rutinerade stjärnan tvingades till operation i juni för en knäskada och missar nu de två första månaderna av NHL-säsongen, enligt klubbens general manager Ron Hextall.
Ytterligare en smäll för klubben som redan har kaptenen Sidney Crosby på skadelistan.
Malkin skadade knät i mars i år och missade till följd av det 23 matcher. Han var tillbaka på planen den 3 maj, men han var alltså inte helt återställd för spel.
Ryske Malkin har tillhört Pittsburgh Penguins sedan säsongen 2006/2007. Han har totalt stått för 424 mål och 680 assist på 940 matcher.